一是诉讼代表人不同。普通代表人诉讼的代表人是投资者，特别代表人诉讼的代表人是投资者保护机构。

二是诉讼加入原则不同。相较普通代表人诉讼的“明示加入”，特别代表人诉讼是“默示加入”，能够扩大投资者保护的范围，更好发挥对违法行为的震慑作用。

三是诉讼效果不同。相较普通代表人诉讼，特别代表人诉讼能够一次性解决纠纷，但也意味着相关责任人短期内面临巨额赔偿，增大了破产风险，增加获得赔偿的不确定性。

当然，两种诉讼方式各有优劣，无论哪种方式都是落实新《证券法》保护投资者、威慑违法行为人的重要举措。在具体个案中采用哪种诉讼方式更有利，需要结合个案情况具体分析。